I MICROORGANISMI CHE CONTANO. ALLA SCOPERTA DELLA METAGENOMICA

Cos'è la metagenomica? E quali sono i compiti della biologia computazionale? Oggi il #microbioma, ad esempio quello intestinale, si studia con tecniche basate sul sequenziamento e l'isolamento del #DNA di tutta la comunità microbica. Successivamente attraverso l'analisi computazionale con i software e l'analisi statistica, si interpretano i dati provenienti da quel materiale genetico. Le sfide più importanti sono: capire e dare un nome ai batteri presenti partendo dal loro DNA e individuare anche microrganismi sconosciuti. Non è raro imbattersi in materiale genetico "senza un nome"! Inoltre, studiando il microbioma in pazienti con una determinata patologia, è possibile individuare le caratteristiche dei microorganismi e il loro possibile legame con alcune importanti malattie, ad esempio i tumori, o le modalità di trasmissione genetica madre-figlio. 

In viaggio sul SIDECAR:

NICOLA SEGATA biologo computazionale
Nicola Segata, esperto di metagenomica, machine learning, e ricerca sul microbioma. Docente di genomica microbica, ha creato e dirige il Laboratorio di Metagenomica Computazionale presso il Dipartimento CIBIO dell’Università degli Studi di Trento.  Il suo laboratorio utilizza metodi sperimentali e nuovi approcci computazionali per studiare la diversità del microbioma umano e il suo ruolo nelle malattie e nelle infezioni. I progetti nel laboratorio spaziano dallo studio delle caratteristiche fondamentali del microbioma umano al suo rapporto con malattie, nutrizione e stili di vita.

LUCA ACETO professore di informatica al Gran Sasso Science Institute

Luca Aceto e' professore di informatica al Gran Sasso Science Institute e alla Reykjavik University. E' presidente del comitato editoriale di LIPIcs–Leibniz International Proceedings in Informatics, una seria di atti di conferenze ad accesso aperto di alta qualita', ed e' stato presidente della European Association for Theoretical Computer Science nel periodo 2012-2016. Nella sua ricerca, Luca si occupa principalmente di teoria della concorrenza e dello studio dei fondamenti logici dell'informatica. Luca ha pubblicato due libri, piu' di 60 articoli su rivista e 80 articoli in atti di conferenze internazionali.

Per approfondire:
http://segatalab.cibio.unitn.it/
https://joinzoe.com/
https://www.nature.com/articles/s41591-020-01183-8
https://gut.bmj.com/content/early/2021/03/21/gutjnl-2020-323877.abstract
Ruolo del microbioma nel cancro; il ruolo importante del microbioma per la risposta all'immunoterapia contro i tumori https://www.nature.com/articles/s41591-019-0405-7)
Trasmissione del microbioma (es.madre-bambino) https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1931312818303172

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Sidecar è un progetto del GSSI ideato e coordinato da Chiara Badia, Carmelo Evoli e Fernando Ferroni. Si ringrazia Luca Fraioli per la collaborazione al progetto.