#84 Synthetic developmental biology

University of Washington の浜崎伸彦さん(@Nobu_Hamazaki)がゲスト。Human RA-Gastruloid論文、条件探索のコツ、ステージング問題、卵子形成論文、PI生活、今後目指す合成的発生生物学の方向性など (12/12収録)

Show Notes (番組HP):

• 浜崎ラボHP
• 博士課程(の後半)での所属ラボ：中島欽一ラボ
• 日本での所属ラボ：林克彦ラボ (現在は阪大)
• 日本にいたときの卵子形成転写因子論文
• かぐや論文
• Parthenogenesisのレビュー
• 留学先の所属ラボ：Jay Shendureラボ
• 留学先でのHuman RA-Gastruloid論文
• 最初にあったマウスGastruloid論文
• Matrigel
• おすすめの発生生物学の教科書ギルバート発生生物学、ウォルパート発生生物学とラングマン人体発生学とそのムービー
• JayのGestalt
• イベントのレコーディング
• シュペーマンのオーガナイザー (pdf)
• Turner Syndrome
• Wntアゴニストのカイロン
• 下流のBrachyury (T)という転写因子
• 最近出ていた脊索が現れる3D trunk organoid論文
• bioRxivに最初に出た論文
• とその数日後にアップロードされた競合論文 その１ ２ ３ ４
• の出版論文としての結果 1 2 3 4
• 最近溜まっているEmbryonic single cell data 1 2 3 4 5 6 7
• 10x
• sci-RNA-seq3
• Smart-seq3
• Wei Yangさん（Jayラボメンバーページ）
• マーカージーンをGPTに入れると予測してくる
• Mappingする方法 
• UMAPのco-embedding
• Foundation modelを作っていく例
• 今村さん
• とやっていたgene regulation
• Zygotic genome activation
• 精子のヒストンがプロタミンに置き換わる機構
• 残ったヒストンがinter-generationalなepigenetic memoryに関与する？（pdf）
• 父が肥満だと子が肥満になりやすい、母だとそうでもない
• ダーウィン vs ルイセンコ
• iPSで精子作成している例
• 減数分裂？に関するプレプリント パキテンで止まっている
• 山中論文は24から4へ
• 卵子が大きくなるためにはアクアポリンが必要。<- Glycineチャネルを介した浸透圧による水分流入のことでした。
• 卵子形成に伴ってゲノムが徐々に無秩序にする 1 2 
• 卵子のヒストンはモノユビキチン化が盛ん 1 2 
• 不妊治療でホルモン注射や針を刺す場合
• Polony Sequencing
• 最近宇宙とか言ってる
• I-5: 東海岸を縦に貫く道路
• At the Helm: Leading Your Laboratory
• Westlake University
• 前回の政権でのES細胞についてのポリシー：新しい株は作れない
• ブッシュ政権の時はES細胞研究はほぼできなかった
• 培養ニューロンにゲームさせてる論文
• Retinaからのprojectionを再現
• ヒントンらによるBackpropagationと脳に関するレビュー
• Backpropagationが実装されていうるかも、という最近の論文
• 海馬とTransformerの関連を議論した論文
• 目の実装、イカとの違い
• 流行ウイルス予測の研究
• エクトダーム単体でほっとくと神経になる 1 2 
• 臨界期窓リオープン 抗生物質ではなくてバルプロ酸でした。(抗てんかん薬)
• Anhedoniaの論文
• 加齢と記憶力、最近出た
• Bipolarのモデルマウスを作るような研究
• 小頭症オルガノイド
• Direct reprogrammingによって作成したらAgeは残ったまま
• 4因子発現による若返りベンチャー 1 2 
• Seattle Hub for Synthetic Biology
• Cole Trapnell lab
• 冬眠するげっ歯類から作ったiPS細胞からケミカル同定の論文

• • 発生生物学から学び、発生生物学のその先に進む研究に興味がある人はいつでもご連絡ください。面白いサイエンスができると思います。(浜崎)
  • “早く留学した方がいい”という意見を頻繁に耳にしますが、留学するorしないではなく、いいラボでポスドク時代のトレーニングをできるかどうかが重要というのを体現されていると思います。(萩)
  • ラボメンがHamazaki et al.とよく言っているのですが、まさかご本人様にこの番組でインタビューできるとは思ってませんでした。 (脇)